Computerprogramm

Massentaufe für 65.000 neue Mikrobenarten

Neu entdeckte und beschriebene Lebewesen erhalten üblicherweise einen wissenschaftlichen Artnamen in Latein. Durch neue Forschungsmethoden hat sich aber in der Mikrobiologie ein Rückstau mit zehntausenden unbenannten Mikrobenarten gebildet. Mit einem Computerprogramm, das lateinische Phantasienamen generiert, wurden nun in einer einzelnen Publikation 65.000 Arten „getauft“.

Der Name einer Art setzt sich aus der Bezeichnung der Gattung, gefolgt von einem Zusatz für die Art zusammen, jeweils in Latein – also etwa Homo sapiens. Bei der Namensgebung wird dabei oft versucht, die Art zu beschreiben, oder es wird auf Personen oder Orte zurückgegriffen. Sie kann aber auch mehr oder weniger willkürlich erfolgen. So wurden etwa eine Laufkäferart angesichts stark ausgebildeter Gliedmaßen Agra schwarzeneggeri, eine Bakteriengattung aus der Ordnung Legionellales Pokemonas oder eine fossile Muschelart angesichts ihrer Größe mundartlich-österreichisch Parvamussium mordsdrum benannt.

Weil sich in den vergangenen Jahren die Forschungsmethoden in der Sequenzierung des Erbguts (DNA) so verbessert haben, werden so viele Lebewesen ohne Zellkern (Prokaryoten) wie Bakterien und Archaeen entdeckt, dass man mit der Benennung nicht nachkommt. Als Übergangslösung erhalten sie daher einen – nicht sehr eingängigen – aus Zahlen und Buchstaben zusammengesetzten Namen.

Automatisierte Namensgebung

Mark Pallen von der University of East Anglia in Norwich und Miguel Rodríguez-Rojas vom Institut für Mikrobiologie und dem Digital Science Center (DiSC) der Universität Innsbruck haben nun im „International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology“ ein von ihnen entwickeltes Computerprogramm vorgestellt, das lateinisch klingende Namen erfindet. „Unser Programm kann innerhalb von wenigen Minuten tausende neue Artennamen generiert. Diese setzen sich aus lateinischen Bausteinen zusammen und weisen die für wissenschaftliche Namen typische weibliche Nachsilbe auf“, erklärt Rodríguez-Rojas in einer Aussendung.

Das Ergebnis ist eine Reihe von lateinisch klingenden Namen, die zwar keine Bedeutung haben, aber einzigartig sind. Beispiele sind Dupisella tifacia für ein Bakterium aus dem Schafsdarm, Hopelia gocarosa für eine Mikrobe aus schwedischem Grundwasser oder Saxicetta apufaria für einen Mikroorganismus aus einem russischen Salzsee. So wurde ein Katalog mit 65.000 Namen erstellt – die bisher größte Artenbenennung innerhalb einer einzigen wissenschaftlichen Publikation. Die Beschreibung der neu benannten Arten würde ausgedruckt 14.000 Seiten umfassen.

Namensfindung vereinfachen

Pallen war Mitglied jener Arbeitsgruppe, die griechische Buchstaben für die Varianten von SARS-CoV-2 vorgeschlagen haben, die von der Wissenschaft schnell akzeptiert wurden. „Ich hoffe, dass die von uns vorgeschlagenen Namen ebenfalls schnell angenommen und weithin verwendet werden“, erklärte er. Rodríguez-Rojas gibt allerdings zu bedenken, dass die Benennung für Forscher auch einen emotionalen Wert habe und manchen die sorgfältige Erarbeitung gut durchdachter Namen wichtig sei. Ein solcher aufwändiger Prozess sei aber für die große Zahl neuer Mikrobenarten nicht möglich.

Für die Namensgebung von Prokaryoten gibt es zudem Richtlinien, die erfordern, dass eine neue Art zunächst im Labor gezüchtet werden muss. Diese Mikrobenkultur wird dann eingefroren und dient als Referenz – erst dann darf die neue Art einen Namen erhalten. „Für die Anzahl der neu entdeckten Prokaryoten ist dieser Vorgang jedoch viel zu aufwändig, außerdem lassen sich nicht alle Arten als Kulturen heranzüchten“, erklärte Rodríguez-Rojas.

Der Innsbrucker Forscher hat daher gemeinsam mit Kollegen in einer weiteren Publikation im Fachjournal Nature Microbiology" eine DNA-basierte Richtlinie namens „SeqCode“ vorgeschlagen, um die Namensgebung von unkultivierten Prokaryoten zu vereinfachen. Rodríguez-Rojas ist leitender Entwickler eines Registers („SeqCode Registry“) auf den Servern der Uni Innsbruck, das DNA-Sequenzen von neuen Mikroben mit bestehenden Datenbanken abgleicht. So kann festgestellt werden, ob es sich tatsächlich um eine neue Art handelt. Im „SeqCode Registry“ werden dann der Name der neuen Art samt DNA-Sequenz als Referenz zentral gespeichert.